Las causas de esta guerra son diversas: el Gobierno, ubicado en el norte, se esfuerza por implantar en todo el país el Islam y su legislación; los derechos humanos de los negros del sur son violados sistemáticamente y los beneficios del desarrollo se quedan, casi en su totalidad, en el norte.

Después de 17 años, la primera etapa de la guerra de Sudán llegó a su fin con el acuerdo de Addis Abeba, en Etiopía, firmado el 27 de febrero de 1972. El Acuerdo garantizaba el nacimiento de una nueva etapa en la vida de Sudán, basada en la paz, la igualdad, la justicia, la libertad religiosa y el desarrollo. Pero por desgracia este pacto no fue respetado, sólo quedó en el papel.

Los diez años siguientes al acuerdo de paz, la situación se fue deteriorando en la medida en que los grupos fundamentalistas islámicos presionaban para transformar el país en un Estado islámico. Finalmente, la legislación islámica fue impuesta en todo el país, el árabe siguió siendo el idioma oficial, la violación de los derechos humanos de la población negra del sur se volvió sistemática de nuevo, los programas de desarrollo humano que se obtuvieron como consecuencia del acuerdo de paz fueron concentrados en el norte del país y los servicios sociales llegaron al sur de una manera tan mínima e insignificante que no marcaron ninguna diferencia en la vida de la gente.

Unido a lo mencionado con anterioridad, el descubrimiento del petróleo integró un elemento nuevo al conflicto. El Gobierno intentó mover más hacia el sur la línea política que señala las fronteras entre el norte y el sur con el fin de reducir el territorio negro y tener mayor acceso a los recursos petroleros que se ubican, casi en su totalidad, en las tierras del pueblo nuer, en el sur. Las reservas probadas hasta ahora son de diez billones de barriles de petróleo crudo y tres trillones de pies cúbicos de gas natural.

Fue en marzo de 1983 que el conflicto bélico se reanudó en Sudán con la formación del Ejército de Liberación del Pueblo Sudanés (siglas en inglés: SPLA), debido a las razones mencionadas antes. Esta etapa de la guerra ha sido más violenta y mortífera que la anterior debido a la utilización de armamento moderno y más sofisticado, el uso de grupos paramilitares, y la utilización de ayuda humanitaria y alimentos como armas de guerra por parte del Gobierno.

Existe una gran cantidad de libros y artículos de revistas y periódicos basados en una infinidad de documentos que demuestran lo anterior, por ejemplo: Burr Millard J. y Colllins O. Robert, Requiem for the Sudan, war, drought, and di-saster relief on the Nile (Requiem para Sudán, guerra, sequía y ayuda humanitaria en el Nilo), Westview Press, 1995, United States of America.

Otro elemento que incrementa la violencia son las divisiones étnicas y políticas entre los pueblos de sur. Por último, las sequías y las inundaciones que Sudán ha padecido durante los últimos años han añadido sufrimientos y muerte a la población civil afectada por la violencia. Suman ya más de millón y medio los fallecidos como consecuencia de esta guerra y sus efectos colaterales como el hambre y las enfermedades.

El SPLA desde sus inicios ha estado dividido en dos grupos: uno que lucha por un Sudán unido, democrático y secular, y el otro que busca la independencia. Esta división interna al interior del SPLA más los conflictos tradicionales entre las tribus del sur ha producido miles de víctimas. De hecho, una facción del SPLA se separó en agosto de 1991 creando el Movimiento de Sur Sudán por la Independencia (siglas en inglés: SSIM), formado en su gran mayoría por el pueblo nuer. El Gobierno ha sabido sacar ventaja de estas divisiones «comprando gente», «haciendo amigos» para que se hagan la guerra ellos mismos.

Por desgracia, muchos líderes del sur no aprenden nada de la historia y otros buscando sus beneficios personales se convierten en aliados del Gobierno en contra de su propio pueblo. Un ejemplo claro de esto es el conflicto actual entre el pueblo nuer, que en lugar de unirse para luchar contra el enemigo común, dos líderes de la misma tribu se están haciendo la guerra y sacrificando a su propio pueblo, los muertos ya llegaron a 400 y los desplazados son miles.

La posición de la Comunidad Internacional ha sido ambigua y de acuerdo a sus propios intereses, como siempre. Al principio de la etapa actual de la guerra se puso del lado del Gobierno. Cuando, entre 1984-1986 el hambre golpeó Sudán, la ayuda humanitaria, procedente en su mayoría de Europa y los Estados Unidos, sólo benefició al norte del país. Estados Unidos, en particular, se relacionaba con Sudán como un amigo y aliado en su lucha en contra del comunismo en África, le proporcionaba ayuda económica y no cuestionaba las tácticas de guerra y la distribución imparcial de ayuda humanitaria practicada por las autoridades. El SPLA, al principio se declaró como un movimiento que buscaba la transformación de Sudán en un Estado socialista.

La presión de la prensa internacional influenció las relaciones entre Sudán y Estados Unidos, y el fin de la guerra fría, con la caída del muro de Berlín, le dieron el toque final. Ahora el enemigo a vencer para los Estados Unidos no es el comunismo, sino el terrorismo y los grupos fundamentalistas que lo apoyan, promueven y utilizan para alcanzar sus fines. Estados Unidos calificó a Sudán como un Estado terrorista y ha cambiado su posición en relación a la guerra con este país. Ha impuesto diversos embargos y muchos afirman que apoya al SPLA; el 20 de agosto del año pasado bombardeó una fábrica que, según ellos, producía gases que pueden ser utilizados para la producción de armamento químico.

También la actitud en relación al ayuda humanitaria ha cambiado a la creación en 1989 de la Operation life-line Sudan (Operación línea de vida para Sudán), un programa neutral bajo los auspicios de la Organización de las Naciones Unidas y con el apoyo principal de los Estados Unidos y la Comunidad Europea, que asiste a los afectados por la guerra en ambos lados: tanto en los lugares controlados por el Gobierno como en los que se encuentran bajo el SPLA y otros grupos armados.